Spokojny rozwój miasta, jak i zboru bielskiego, przerwała straszna burza dziejowa, która wybuchła w Czechach w roku 1618, ogarnęła wnet ziemie dziedziczne Habsburgów, a z nimi tereny Śląska Cieszyńskiego, a potem przerzuciła się do Niemiec. Wojna dotkliwie dała się we znaki miastu Bielsku i zborowi ewangelickiemu. Oddziały zdziczałego żołdactwa wpadały kilkakrotnie do miasta, rabując, niszcząc i paląc mienie, mordując opornych mieszkańców. Część ludności chroniła się do Białej, natomiast od zachodu napłynęła fala wypędzanych z Czech ewangelików, która zatrzymała się w zniszczonym Bielsku.
Przybył z nimi ks. Jerzy Trzanowski, rodak cieszyński, i przez kolejne dwa lata usługiwał miejscowym ewangelikom (1625-1627). Był początkowo nadwornym kaznodzieją barona Jana II Sunnegka, a kiedy ks. Wenzelius przeszedł na nowe stanowisko do Lewoczy w Słowacji, pełnił funkcje duszpasterza przy kościele św. Mikołaja. Tu też Trzanowski pisał swe łacińskie hymny i pieśni religijne, które wyszły w Brzegu w roku 1629 pt. "Odorarum sacrarum"; są one niejako zapowiedzią przyszłego kancjonału "Phiala sanctorum" zawierającego 412 pieśni w narzeczu morawskim. Po wyjściu z druku w roku 1636 śpiewnik ten szybko przyjął się w słowiańskich zborach Czech, Moraw, Słowacji i Śląska Cieszyńskiego.
Pod wpływem niepokojów wojennych, które coraz bardziej zagrażały Księstwu Cieszyńskiemu, a w nim gorliwym zwolennikom nauki Lutra, musiał ks. Trzanowski wraz ze swoim protektorem Janem II Sunnegkiem opuścić Bielsko. Udał się na zamek orawski, skąd powołano go w roku 1632 na pastora do Świętego Mikołaja (Mikulasza) gdzie zmarł po pięciu latach pracy.
Tymczasem w Europie mimo zakończenia wojny religijnej i podpisania pokoju westfalskiego (1648) zaczynał się okres prześladowań, które nie ominęły Księstwa Cieszyńskiego. W roku 1653 umarła ostatnia księżna z rodu Piastów cieszyńskich Elżbieta Lukrecja, która chociaż katoliczka, zdecydowanie sprzyjała Reformacji. Po jej śmierci księstwo przeszło pod władanie austriackich Habsburgów, nieprzychylnych ewangelicyzmowi. Powołana komisja religijna pod wodzą doktora teologii Wacława Otika oraz pułkownika Steinkellera i podporządkowanej mu grupy dragonów przystąpiła wiosną 1654 roku do zamykania kościołów ewangelickich. W ciągu czterech tygodni odebrano i zamknięto 50 kościołów na terenie Księstwa Cieszyńskiego (na całym Śląsku odebrano ich ogółem 650). W czasie przejmowania kościołów zdarzały się nieraz paradoksalne sytuacje, kiedy np. komisja, zamknąwszy odebrany ewangelikom kościół, nie wiedziała komu dać klucze do przechowania, bo wszyscy mieszkańcy wioski byli ewangelikami. Na rozkaz cesarski usunięto też wszystkich duszpasterzy i nauczycieli (przy wszystkich kościołach były szkoły), odbierając im wszelkie dochody, a ludności zabroniono uczęszczania na nabożeństwa ewangelickie. Wszelkie posługi religijne chrzty, komunie, śluby, pogrzeby - mieli odtąd spełniać powołani w tym celu jezuici. Znane też były tzw. dragonady - ekscesy komisyjnych dragonów, którzy zakwaterowani u ewangelików, rekwirowali bezkarnie żywność, do gospodarzy i ich rodzin odnosili się uwłaczająco. Poszkodowani ewangelicy - tak szlachta, jak mieszczanie, czy chłopi zwracali się niejednokrotnie ze skargą do samego cesarza, a gdy to nie odnosiło skutku, dziesiątki ewangelików z rodzinami opuszczały księstwo, udając się do Polski, na Węgry czy do Prus, gdzie ich potomkowie dotąd przetrwali.
Kiedy 15 kwietnia 1654 roku przybyła komisja cesarska do Bielska, aby odebrać kościół Św. Trójcy, ewangelicy zastosowali bierny opór, a kluczy od kościoła nie oddali. W akcji tej oprócz mężczyzn brały udział kobiety i dzieci. Interwenci weszli jednak do kościoła przez okno. Pozwolono jedynie grzebać zmarłych na dotychczasowym cmentarzu. Parafianin Mikler z Międzyrzecza zdołał zakopać pod progiem swego domu (nr 137) złoty kielich i patenę oraz dwie pocynowane butelki do wina, które przetrwały w tym ukryciu aż do poświęcenia nowego kościoła w Jaworzu w roku 1782.
Nastąpił teraz 55-letni okres, kiedy ewangelicy mogli odbywać tylko tajne nabożeństwa. Początkowo odprawiano je na zamku Sunnegka lub w okolicznych dworach, a kiedy i w tych miejscach zabroniono urządzania nabożeństw, zaczęli wytrwali w wierze ewangelicy schodzić się na nabożeństwa nocne, odprawiane nieregularnie na polanach leśnych Błatniej, Klimczoka, Równicy czy odleglejszej Czantorii i Goduli. Przybywali tam w żebraczym czy góralskim przebraniu leśni kaznodzieje-predykanci ze Słowacji, Polski, Dolnego Śląska. Oto zachowane nazwiska kilku z nich: Tomasz Neugebauer, bielszczanin, były pastor w Kamienicy, Jerzy Joannides z Frydku, były pastor w Ropicy i Jan Joannides, który w roku 1698 związał około .100 par węzłem małżeńskim, Michał Andrzej Coranus, który zmarł nagle w drodze do Bielska, czy Burnstein. Predykanci nie tylko odprawiali nabożeństwa, ale udzielali chrztów, spowiedzi, ślubów oraz dostarczali literaturę religijną z Brzegu, gdzie w roku 1670 otwarto drukarnię dla publikowania postyll, kancjonałów i modlitewników. Bielsko stało się jednym z głównych odbiorców tych wydawnictw i nie należy się dziwić, jeśli ks. Newolkowic z Komorowic nazywa Bielsko w swym zażaleniu do władz kościelnych "matką kacerstwa luterskiego", "jaskinią zatracenia" czy "szkołą Lucyfera".
O atmosferze prześladowań w tych czasach świadczą relacje duchownych katolickich - ks. dziekana Krzysztofa Buriana i ks. Wawrzyńca Nerolkowica z Komorowic. Jan Burian w piśmie z 26.5.1671 roku pisze:
"...Kaznodzieje ewangeliccy skradali się częściej, udzielając w wielkie święta Komunii św. w lasach i domach wiejskich ludowi, który garnął się do nich dniem i nocą, udzielając im pomocy i schronienia. Gdy to 6 kwietnia br. w najbliższym lesie zauważyłem, zabrałem ze sobą Fryderyka Kryschera i 5 innych żołnierzy z ´czackiego´ oddziału i wyszedłem wraz z moim rektorem szkolnym. Zastałem tam liczny tłum zgromadzony oraz stół dla luterskiej Komunii i ławkę. Ludzie osłaniali swymi ciałami ´sługę´, a niektórzy z nich nosili kamienie, potem zuchwale szydząc rozeszli się na trzy strony.
Zacni panowie i mieszczanie wprowadzają w porozumieniu z dziedzicem bielskim hrabią Juliuszem Sunnegk prywatne kazania, na które niektórzy zapraszają domowników i poddanych. Ponadto wznoszą prywatne szkoły, w których nie wychowują dzieci według katolickich zwyczajów. Ponadto też wysyłają dzieci swe do Luteran na Węgry. Wyżej wymieniony pan hrabia Juliusz von Sunnegk powołał z pominięciem własnego proboszcza kilka lat temu luterskiego kaznodzieję z innych stron, ażeby dać ochrzcić swe dzieci".
Natomiast ks. Nerolkowic pisze 14.11.1676 roku: "...Prawie cała warstwa panująca Bielska, a zwłaszcza mieszczaństwo stało się piekielną plantacją Lucypera dla wszelkiej nikczemności i chytrości luterskiej wiary. Wszelkie zło, które Luter na świat przyniósł, można tu jakby w kompendium widzieć i znaleźć. A któż mógłby to w dostateczny sposób opisać? Onegdaj wtargnął po licznych uprzednich napomnieniach i skargach bielski wikariusz Jan do domu Kaudra, aby wraz z lipnickim proboszczem zbadać, czy nie ukrywa się tutaj sługa Lutra. Przyjęto go obelgami i wyzwiskami, a gdyby się nie był wcześnie i szybko wycofał, to byłby zgromadzony tłum jego i jego wyżej wymienionych towarzyszy ukamienował.
Kaznodzieje i słudzy Lutra potwierdzają zarówno w mieście, jak i na przedmieściu luterski dogmat w uprzejmej mowie, odprawiają luterską Komunię i napełniają młodzież obojga płci w prywatnych szkołach luterskim zabobonem. Ponadto grasują po całej rejencji bielskiej, co mi jest najlepiej znane, gdyż widziałem to na własne oczy.
Przez pełne 4 lata skarżę się, że kaznodzieje z Bielska moich prawowitych parafian o nocnej porze odwiedzają i w domu Andrzeja Kobielki i Grzegorza Solicha i Jana Bucza odprawiają luterskie uroczystości komunijne z długimi przemówieniami. Na te uroczystości komunijne zbiega się reszta moich parafian z Polski, znajdując tu utwierdzenie w błędzie. Tak samo częściej w roku zgromadzają się też z innych śląskich parafii. Dalej znalazłem w księgach kościelnych, że wyżej wymienieni mieszkańcy Komorowic od mniej więcej 40 lat zalegają z należnościami za msze, z bezpodstawnych powodów nie chcą z czystej złośliwości płacić. Zastałem też kościół bliski rozpadu, ponieważ wyżej wymienieni poddani rejencji bielskiej w najwyższej złośliwości skierowali rzekę Białkę ze swego koryta w stronę kościoła, aby spowodować jego zawalenie się, nad czym należy bardzo ubolewać, gdyż występująca woda porwała większą część cmentarza ze zwłokami chrześcijan. Wobec takich zamiarów zwróciłem się z prośbą do wielmożnego pana Sunnegka w Bielsku, który zbył mnie z uśmiechem powiadając: Postaram się i udzielę napomnienia. W następnym roku wniosłem cztery prośby, zgłaszałem się też osobiście. W trzecim roku wreszcie otrzymałem od arcybiskupa krakowskiego list, że p. Sunnegk powinien był odpowiedzieć, wszcząć dochodzenie i postąpić zgodnie z prawem, lecz on nic nie uczynił, a w końcu umarł. Ze strony Bielskiego Magistratu znosić muszę i tę krzywdę: Słudzy nie powinni mieć zbyt łatwego dostępu do mojej parafii, gdyż z rozkazu i zezwolenia wielmożnego pana Jana Larysza, dowódcy Cieszyna miałem ich schwytać, teraz jednak wyżej wymieniony Andrzej Kobielka i zwłaszcza Marcin Thin zaprasza ich na kazania, o co ich niejednokrotnie w kancelarii i Magistracie Bielskim oskarżałem, jednak oni tej sprawy nie zbadali. Wprawdzie w obecności pana Sędziego obiecał w kancelarii wyżej wymieniony Kobielka tego zaniechać, teraz jednak czynią to każdej niedzieli i w każde święto nie bojąc się kary. I jak się znajduje w Bielsku nienasycony chaos Luteran przewrotnych, w którym wszyscy Luteranie z Węgier i innych części Śląska swą pociechę znajdują. Tam uciekają wygnańcy z innych stron. Andrzeja Kobielkę mogę nazwać komorowickim adwokatem, obrońcą i rzecznikiem luteran, który sam jest groźny w najwyższym stopniu; do niego uciekają ludzie nie tylko z sąsiednich okolic Śląska, lecz także ze sąsiedniej Polski, on decyduje, kiedy należy obchodzić luterską Komunię, żeby wyszukać ´spolegliwego´ sługę, którego on opłaca i traktuje ze wszelkimi honorami...".
Oto relacja duchownych katolickich w XVII wieku o stosunkach kościelnych w Bielsku. Wspomnieć jeszcze należy, że prócz prześladowań religijnych spadały na miasto innego rodzaju klęski - pożary i wojny. Oto w noc sylwestrową 1658 roku wybuchł pożar w jednym z domów w rynku i zniszczył 9 budynków mieszkalnych. Zaledwie kilka miesięcy później, 20 kwietnia 1659 groźniejszy pożar spopielił wszystkie budynki w obrębie starych murów. Spłonął wtedy kościół parafialny św. Mikołaja i wybudowany przez ewangelików kościół Św. Trójcy; pastwą płomieni padły nadto: probostwo, szkoła, ratusz z archiwami i więzienie. Jeszcze odbudowa zniszczeń nie została zakończona, gdy wybuchł trzeci pożar w roku 1664, którego ofiarą padły 42 budynki, za co sprawca pożaru, terminator rzemieślniczy, został ścięty i spalony.
W czasie działań wojennych, w latach 1642 i 1648, a więc u schyłku wojny 30-letniej, miasto najeżdżały oddziały szwedzkie i doszło nawet do potyczki w lasku miejskim; część wojsk wtargnęła do miasta, rabując domy mieszczan i zamek książęcy. W roku 1682 wpadł do Bielska oddział, liczący około 4000 uzbrojonych powstańców węgierskich pod wodzą Petrycyego i obrabował prawie całe miasto, nie wyłączając kościołów. Zginęło wtedy 35 bielszczan, a blisko tyleż zostało pokaleczonych. Wśród zabitych znalazł się również proboszcz i dziekan bielski, ks. Burian, broniący kościoła parafialnego przed rabusiami. W następnym roku (1683) oglądali bielszczanie część wojska Jana Sobieskiego, zdążających na odsiecz oblężonego przez Turków Wiednia.
Ani odebrane kościoły i szkoły, ani napaść obcych wojsk czy pożary nie złamały w tych ciężkich czasach wiary bielskich ewangelików. Przetrwali je, wierząc w sprawiedliwość dziejową, która nadchodziła.